Sein Bruder Ruprecht I. erfüllte Rudolfs Wunsch und erhob 1356 die Pfarrkirche in den Rang eines Kollegiatstiftes. Zunächst berief der Kurfürst zehn Stiftsherren, die vom Bischof bestätigt werden mußten, später sogar noch weitere vier und stattete sie mit zahlreichen Pfründen aus. Hinzu kamen noch 16 Vikare, die für die, nicht immer mit der Priesterweihe versehenen Stiftsherren die geistlichen Aufgaben übernahmen. Das Stiftskapitel, die Gemeinschaft der Stiftsherren, unterstand einem Dekan und verwaltete sich selbst. Zu ihren Aufgaben gehörte das gemeinsame Chorgebet, die liturgischen Feiern, die Seelsorge und die zum Stift gehörende Schule.

1363 ist dann erstmals in einer Urkunde von einem geplanten neuen Chor die Rede, bald darauf wurde der Grundstein gelegt. Man begann mit dem Bau des Chores ein Stück weiter östlich des alten Pfarrchores und baute ihn um den Vorgängerchor herum, um die alte Pfarrkirche so lange wie möglich nutzen zu können. Gleichzeitig wurden an der Westseite die Fundamente für die Doppelturmfassade gelegt, wobei der Südturm zuerst gebaut wurde. Entgegen dem Baustil der damaligen Zeit blieb Ruprecht I. bei dem Vorbild der romanischen Doppelturmfassade. Er war ein glänzender Territorialpolitiker und konnte durch sein geschicktes Vorgehen viele ehemalig salische Besitztümer erwerben. Durch die bewußte Beibehaltung der mächtigen Doppeltürme in salischer Tradition ( das Hauskloster der Salier auf der Limburg weist die gleiche Turmanordnung auf ) demonstrierte er seine Verbundenheit mit dem Erbe der Salier und setzte sogleich ein weltliches Zeichen seiner Machtansprüche.

Der Turm war nicht nur Glockenturm, sondern diente im Untergeschoß als Tresorraum für einen umfangreichen und kostbaren Reliquienschatz, den Ruprecht I. gestiftet hatte. Daher die kleinen schießschartenartigen Fenster im Untergeschoß, das auch nur von innen durch die Kirche betreten werden konnte. (Die Tür zum Turm wurde erst Ende des letzten Jahrhunderts durchgebrochen.) Um die Tür zur Schatzkammer öffnen zu können, waren sechs verschiedene Schlüssel notwendig, die sich in den Händen wichtiger Kirchen- und Stadtvertreter befanden. Es existieren noch drei Verzeichnisse dieser Schätze, aber kein einziges Stück ist erhalten. Wahrscheinlich wurde durch die Bilderstürmer während der Reformation im 16. Jh. alles zerstört.

Zurück zum Baufortschritt der neuen Kirche: bereits 1383 wurde der Chor eingeweiht. Das Fehlen einer Baunaht zwischen Stifts- und Pfarrchor läßt darauf schließen, daß es sich dabei um die Weihe des Gesamtchores handelt, in dessen Bereich sich auch das Grab des Stifters und seiner Gattin befand.Erst danach riß man das Langhaus der alten Kirche ab und erbaute Haupt- und südliches Seitenschiff, anschließend das nördliche Seitenschiff bis auf die beiden westlichen Joche, um an den erst noch zu errichtenden Nordturm später anzuschließen. Bis 1430/40 waren dann die ersten beiden Geschoße des Nordturmes fertig, ebenso die Vorhalle im Westen mit der Empore, so daß das Mittelschiff eingewölbt werden konnte. Beim Nordturm gab es dann eine Bauunterbrechung von fast 50 Jahren, bis 1487 - 89 die letzten beiden Geschoße gebaut wurden, wie sich an den eingemeißelten Jahreszahlen erkennen läßt.