Die Tür wurde erst nach der Trennung der Kirche in einen katholischen und einen protestantischen Teil eingebaut. Früher gehörte dieser Eingangsbereich zur Sakristei, über der sich auch der Kapitelsaal befindet, zugänglich über einen auch von außen markanten Treppenturm mit Steinhelm. Die Tür zum Inneren der Kirche war der Zugang aus der Sakristei in den sogenannten Lettner, einer halbhohen Wand mit Bühne, auf der sich das Lesepult befand und die den, nur der Geistlichkeit vorbehaltenen, Stiftschor vom Pfarrchor trennte. Leider sieht man nur noch den Ansatz an der Wand, der mit Sicherheit ehedem prachtvolle Lettner ist nicht mehr erhalten.

Im Eingangsbereich befindet sich die Lavabo-Nische zum Waschen der Hände, daneben Regale für die Meßbücher.

Der Stiftschor wird durch einen sogenannten Triumphbogen vom Pfarrchor getrennt und ist architektonisch schon sichtbar reicher gestaltet als der einfacher gehaltene Pfarrchor und das Langhaus, entsprechend der Bedeutungshierarchie der Räume.

Das mehrfach profilierte Kreuzrippengewölbe steigt aus Runddiensten mit Laubwerkkapitellen empor, wobei die Dienste ihrerseits aus Baldachinen aufwachsen, die durch Blendmaßwerk und Strebepfeiler miniaturartige gotische Architekturen vorstellen. Das Gewölbe im Pfarrchor ist, aus Faltkonsolen aufsteigend, einfacher geführt.

Das ursprüngliche Statuenprogramm ist leider nicht mehr erhalten, die jetzigen Figuren kamen erst später dazu. Beachtenswert sind die Konsolplastiken von Tieren und Blattmasken an den Zugängen zur Seitenkapelle. An den Seitenwänden sind die Konsolen abgekragt, da sich darunter das Gestühl der Stiftsherren befand.

Die Machtposition der Bauherren zeigt sich in der Helmzier der pfälzischen Wittelsbacher im Schlußstein direkt über dem Altar und dem kurpfälzischen Wappenschild im folgenden Joch.

Auch die Größe der Stifterpaare in den Kappen des Chorgewölbes heben deutlich den Sinn des Chores als Seelenheilstiftung der frühen pfälzischen Wittelsbacher hervor. Auf der Nordseite sieht man Kurfürst Ruprecht III. (König Ruprecht I. 1400 - 1410) und seine Gemahlin Elisabeth von Hohenzollern, auf der anderen Seite Ludwig III., seinen Sohn und Nachfolger (1410 - 1436) und dessen Gemahlin Blanca von England, die 1409 als letzte der Wittelsbacher hier in der Stiftskirche beerdigt wurde.

In der Mitte sitzt Christus, der Weltenrichter in der Mandorla, auf dem Regenbogen, mit Lilie und Schwert im Mund, darunter zwei Auferstehende, einer selig die Arme zu Christus erhebend, der andere als Verdammter mit Verzweiflungsgebärde. (Lilie und Schwert sind die "Arma Christi", die Waffen Christi.) Dazu gehört noch jeweils ein Engel mit Fanfare (weltlicher als Posaune) mit Fahnen, auf denen die Leidenswerkzeuge dargestellt sind (Dornenkrone, Schwamm und Lanze/ rechts Kreuz, Leiter und Geiselsäule). Als Fürbitter knien Maria und Johannes der Täufer und komplettieren die sogenannte Deesis-Darstellung.

Die Malereien gab Ludwig III. in Auftrag, sodaß die Ausmalung im frühen 15. Jh. erfolgte, wahrscheinlich kurz nach 1410, dem Todesjahr seines Vaters. Sie sind im sogenannten "Weichen Stil", wie von 1380 - 1420 üblich, gestaltet (auch in Mainz in der Karmelitenkirche zu sehen).

Auch noch erhalten aus der damaligen Zeit ist ein Gemälde an der Südwand der Chorkapelle mit der Weltgerichtsthematik, dem sogenannten Gnadenstuhl: Gottvater thronend, vor sich seinen Sohn am Kreuz und der einschwebenden Taube des Hl. Geistes, Maria und Johannes der Täufer zur Seite kniend.

Ebenso wichtig wie die Ausmalung des Innenraumes, war für die mittelalterliche Kirche auch die Gestaltung der Fenster. Einer der wenigen Reste mittelalterlicher Glasmalerei in der Pfalz ist das Ostfenster des Chores, das die Auferstehung Christi zeigt und sich im Historischen Museum der Pfalz in Speyer befindet. Die jetzigen Fenster sind, ebenso wie die Alabasterfiguren, eine Stiftung des Hauses Wittelsbach von 1905.

Bemerkenswert ist noch der dritte Schlußstein im Gewölbe, der sich im Laub verbergende Adamskopf, ikonographisch der Anruf Gottes beim Betreten des Chores: Adam, wo bist Du?, Mensch, wo bist Du?, wie in Bettelordenschören oft vorhanden.

Unter der Empore des kath. Teils befinden sich die sowohl historisch, als auch kunsthistorisch bedeutsamen Grabplatten der pfälzischen Wittelsbacher, insbesondere wertvoll dadurch, daß die Grabplatten der pfalzgräflichen Familie in Schönau und Heidelberg mit einer Ausnahme zerstört wurden.

Die beiden Grabplatten an der rechten und linken Seitenwand von Kurfürst Rudolf II. und Kurfürstin Margaretha von Sizilien-Aragon sind Deckplatten nicht mehr erhaltener kastenartiger Grabtumben. Sie sind aus der sogenannten Parlerzeit ( Wirken und Einfluß der berühmten Steinmetzfamilie Parler - Veitsdom in Prag, Freiburger Münster), Ende des 14. Jh. im Weichen Stil gearbeitet und wurden nach dem Tod der Kurfürstin 1377 angefertigt.

Die Figuren im Hochrelief werden von einer gotischen Zierarchitektur gerahmt, die übereck gestellten, mit Blendmaßwerk geschmückten Pfeiler gehen in einen Kielbogen über, bekrönt von einer Kreuzblume. Die Kurfürstin ist modisch gekleidet, trägt enge Ärmel mit perlstabbesetzter Naht und eine Kräuselhaube mit einer Krone aus stilisierten Blättern. Sie ist betend auf einem Kissen liegend dargestellt, gleichzeitig aber auch stehend mit dem Hund als Symbol für eheliche Treue. (Die auch vorhandene Eidechse symbolisiert Klugheit.)

Die Grabplatte des Kurfürsten ist leider stark zerstört; er steht mit Schild, Kettenhemd und Lender auf einem Löwen, dem Symbol der Macht, der Kopf ruht auf einer Löwin. Beide Grabplatten waren bei dem Bau der Trennmauer als Füllmaterial verwendet worden. Mitte des 19. Jh. wurden sie entdeckt und seit 1906 hier aufgestellt.

In der Mitte befinden sich die sehr großen Grabplatten von Ruprecht I. (gest. 1390) und seiner Gemahlin Beatrix von Berg (gest. 1395), die ursprünglich vor dem Chor lagen und deshalb stark abgetreten sind. Die Buchstaben auf dem breiten Inschriftband waren ehedem mit Messing gefüllt.