Mit dem 17. Jh. begann für Neustadt eine bittere und entbehrungsreiche Zeit. Während des 30-jährigen Krieges erlebte Neustadt sechsmal wechselnde Eroberer, unter deren Herrschaft sich auch die konfessionelle Zugehörigkeit jedesmal änderte.

1622 eroberten spanische Truppen Neustadt. Mit ihnen kamen die Jesuiten, gründeten 1623 ein Kolleg, bekamen 1625 zunächst den Chor, dann die gesamte Kirche, um ihren katholischen Gottesdienst zu feiern. 1632 eroberten die Schweden die Stadt, worauf Jesuiten und Kapuziner flohen, nur zwei Jahre später kehrten die Spanier zurück und etwas später auch die Jesuiten. Die mit den Protestanten verbündeten Franzosen besetzten die Stadt, erlaubten den Jesuiten jedoch zu bleiben. 1640 war Neustadt in kaiserlicher Hand, 1641 unter bayrischer und kaiserlicher Besatzung, 1644 erneut von den Franzosen erobert.

Nach Beendigung des Krieges wurde im westfälischen Frieden 1648 für gemischt konfessionelle Gebiete das Jahr 1624 als Normaljahr (die Konfession dieses Jahres in dem entsprechenden Gebiet hatte Gültigkeit) beschlossen, für die Kurpfalz wurde jedoch das Jahr 1618 angesetzt, so daß der reformierte Glaube für dieses Territorium galt.

Aber schon 1685 erlosch die Kurlinie Simmern, als Nachfolger kam mit Johann Wilhelm ein überzeugter Katholik aus der Linie Neuburg in die Kurwürde. Die Neustadter baten um freie Religionsausübung, die ihnen vom Kurfürsten auch zugesichert wurde. Den Lutheranern erlaubte er sogar den Bau einer eigenen Kirche in der Mittelgasse, die aber erst 1699 vollendet wurde, immer wieder verzögert durch den pfälzischen Erbfolgekrieg. Wo immer es nur möglich war, unterstützte der Kurfürst jedoch die Katholiken.

Als dann die französischen Truppen 1688 im pfälzischen Erbfolgekrieg Neustadt besetzten, richteten sie erneut katholische Gottesdienste ein und erklärten die Stiftskirche für simultan. Die Gottesdienstzeiten wurden so eingeteilt, daß morgens von 7.00 - 8.30 die Reformierten, anschließend die Katholiken und dann die Lutheraner ihre Gottesdienste abhalten konnten. Es war aber kein friedliches Miteinander, im Gegenteil, man hat sich gegenseitig das Leben schwer gemacht, wo man nur konnte.

1700 wurden die Jesuiten vom Kurfürst wieder nach Neustadt berufen und die Stiftskirche und das Casimirianum in ihren Besitz übergeben. Jeglicher Protest der Protestanten beim Kurfürst war vergebens. Unter Zwangsmaßnahmen wurde die Rekatholisierungspolitik vorangetrieben. Erst nach Intervention des Königs von Preußen war der Kurfürst zu Verhandlungen bereit.

So kam dann nach zähem Ringen 1705 die Religionsdeklaration zustande, die völlige Religionsfreiheit gewährte, Zwangsbekehrungen untersagte, Protestanten wieder zu Magistratsämtern zuließ und den Simultangebrauch der Kirchen aufhob. Wo zwei Kirchen bestanden, sollte eine den Katholiken überlassen werden, bei einer Kirche Chor und Schiff durch eine Mauer getrennt werden. Besitzungen, die den Reformierten vor 1685 gehörten, mußten zurückgegeben und das Kirchenvermögen geteilt werden.

Die Katholiken bekamen den Chor, die Protestanten das Schiff, das Casimirianum wurde zurückgegeben. 1708 wurde die Mauer errichtet, nach Protest der Katholiken nochmals eingerissen und nach einem gerichtlichen Vergleich an derselben Stelle erneut gebaut. Es gab damit zwar keinen Frieden zwischen den Konfessionen, aber die Streitigkeiten innerhalb der Stiftskirche hatten wenigstens ein Ende.

Seit dieser Zeit hat sich an dieser Besitzregelung nichts geändert. Als die katholische Gemeinde immer größer und der Chor zu klein wurde, hat die protestantische Gemeinde ein Kaufangebot der Katholiken für das Langhaus abschlägig beschieden, woraufhin die Katholiken 1860 - 1862 die Marienkirche mit finanzieller Hilfe König Ludwigs I. bauten. Ein dann erfolgter Vorschlag der Protestanten die Kirchen zu tauschen, wurde von den Katholiken abgelehnt. Im Zuge der Ökumene wurde jedoch 1984 eine Tür von der (seitdem gemeinsam genutzten) Sakristei in den protestantischen Teil gebrochen und somit zum ersten Mal seit fast 300 Jahren wieder eine Verbindung hergestellt.

Nun zurück zur Ausstattung des Chores. Nach dem endgültigen Bau der Trennmauer begannen die Jesuiten den Chor nach barockem Zeitgeschmack auszugestalten. Der bedeutendste Rest ist der monumentale Hochaltar, eine Arbeit der Mannheimer Schule (1745 - 47), nach dem Vorbild des Petersdomes in Rom gefertigt und religiöse Themen der Jesuiten darstellend.

Der dreiteilige Aufbau gliedert sich in eine Sockelzone mit Altar und silbernem Drehtabernakel, einen Mittelteil, der auf dem mit Säulen umstandenen Altarbild die "immaculata conceptio" (von den Jesuiten besonders geförderte Verehrung der Gottesmutter als ohne Erbsünde empfangene Jungfrau) zeigt, und dem Oberteil mit einer Engelsgloriole und dem Symbol des Auges Gottes, ohne den es kein Heil gibt. Über dem abschließenden Baldachin steht die Figur des Guten Hirten, der das gerettete Schäflein über den Schultern trägt, schon seit der Antike die Darstellung Christi und von den Jesuiten aus Rom mitgebracht.

Die Figuren stellen neben dem hl. Joseph, der den Jesusknaben auf dem Arm hält und als Schutzpatron der Kurpfalz gilt, die drei Heiligen dar, die die drei wichtigsten Sakramente versinnbildlichen, die jeder Katholik in seinem Leben erhält.

Dem hl. Joseph gegenüber steht der hl. Johannes Nepomuk, Patron der Weinberge und des Beichtgeheimnisses, das Sakrament der Buße darstellend. Das Kind zu seinen Füßen verschließt mit der Hand den Mund und weist auf das Schicksal des Heiligen hin, der von König Wenzel für die Wahrung des Beichtgeheimnisses der Königin in die Moldau gestürzt wurde.

Über ihm steht der hl. Franz Xaver, der erste Missionar der Jesuiten, der hier ein Inderkind tauft und somit das Sakrament der Taufe verdeutlicht.

Über dem hl. Joseph findet sich, eine Monstranz hochhebend, der heiliggesprochene Franz Borgia, dritter Ordensgeneral der Jesuiten, der hier das Sakrament der Eucharistie verkörpert. (Nach Herrn Jöckle durch das Attribut der Monstranz eher zutreffend, als der an anderer Stelle erwähnte Ignatius von Loyola.)

Auf den ursprünglichen Patron der Kirche, den hl. Aegidius, wird im Dreiecksgiebel mit einem Schild, das seinen Namenszug trägt, verwiesen.

An der nördlichen Wand ist die hl. Anna zu sehen mit einer Lilie in der Hand, die wiederum auf die unbefleckte Empfängnis hinweist. Sie lehrt Maria das Lesen, wobei sie, auf der Weltkugel kniend, der Schlange auf den Kopf tritt. Mit der sinnbildlichen Darstellung der Befreiung von der Erbsünde wird hier sozusagen Genesis illustriert.

Auf der anderen Seite an der südlichen Kapellenseite steht eine Statue des hl. Michael, der als Verteidiger des rechten Gottesglaubens kämpft.

An der südlichen Seitenwand ein weiterer Jesuitenheiliger, der hl. Aloisius, der Patron der studierenden Jugend (nach Herrn Jöckle eher zutreffend, als der an anderer Stelle erwähnte hl. Aegidius).